钼酸钠有毒，但属低毒化学物质。钼中毒了会造成关节痛，导致血压偏高稍低和血压偏高起伏，神经功能失调，代谢全过程出現阻碍。可溶钼化物大气气溶胶多允许浓度值为2mg/m，烟尘为4mg/m。触碰和应用钼酸钠时，要配戴要求的安全防护用品。留意防渗。运送时需防淋雨、风吹日晒。钼是黄嘌呤氧化酶、醛氧化酶和亚硫酸氧化酶充分发挥生物体魅力的必不可少系数，对人体氧化还原反应全过程中的电子传递、嘌呤化学物质与硫含量碳水化合物的代谢具备一定的危害。
另外钼还能抑止结肠对铁、铜的吸收，其体制将会是钼可竞争性抑制结肠黏膜刷状缘上的蛋白激酶，或产生不容易被吸收的铜-钼复合物、硫-钼复合物或硫钼酸铜（cu-mos）并使之不可以与血液血清铁等含铜蛋白融合。
